質問① 単語それぞれの重音　軽音の場所はそれぞれ覚えるしかないのでしょうか？

大雑把に言うと言語には２種類あり、

●重音軽音のパターンが、必ず決まっている(predictable)言語
　例、日本語は必ず１拍目が重音（レッスン38, 39参照）。フランス語は必ず最後の拍が重音らしいです。

●重音軽音のパターンが、単語ごとに違う(lexical)言語
　例、英語、中国語

つまり、言語のタイプとしては、英語は単語ごとに覚えるしかない言語ということになります。
しかし、中国語の場合は、１拍目は必ず重音なので、２拍目が重音か軽音かを覚えるだけでいいのです。

英語の場合は、１拍目が軽音の場合もあるので、中国語よりもっと単語ごとに覚えることが多くなります。
しかし、多くの場合、重音と軽音が交互にくるので（その方が言いやすいから）、全くランダムというわけではないので、パターンがわかってくると、それほど難しくありません。

しかも、「重音はつづり通りに母音を読む」「軽音は情け容赦なくŭ」というように、軽音の位置によって母音の読み方が全く変わるため、意外に覚えやすいです。
（中国語の場合も、軽音は声調（トーン）が情け容赦なく軽声になるので、意外に覚えやすいです。）

質問② 単語が跨って重音軽音単にフットが形成された時、音の単位が単語単位の音と変わってくるため、聞き取り並びに頭の中での処理に苦労します。アドバイスよろしくお願いします。

やはりこれは、前述のように「日本語は重音が必ず１拍目」なので、挙げていただいた
the pro （ducer is re）（cor ding ca）（nadia）（nEnglish）
という、２拍目が重音になるリズムに、日本人は非常に違和感があるので、ここに慣れることがポイントになります。
逆に言うと、１拍目が軽音、２拍目が重音の単語にさえ気をつければいいわけです。

まずこのレッスン３２以降でやっているドリルの区切り方で、練習して慣れることでしょう。

そしたら、実際の文の音読練習をする時に、１拍目が軽音、２拍目が重音の単語が出てきた時の区切り方にだけ気をつけて、やってみると良いと思います。

一言で音読練習と言っても、ゆっくり１音１音正確に言う、速くつなげて言う、など練習のテーマは色々ありますが、
「２拍目が重音の単語に気を付ける」ことだけを意識して、音読練習をするというのも、自分の経験からすると、非常に効果的です。

余談ですが、American ŭ-(MĔ-rŭ-kŭn)は、昔の日本人の耳には、最初の軽音のŭが聞き取れなかったので、重音の２拍目から始めて「メリケン粉」と呼ぶようになったようです。

ヒントになれば幸いです。